三叠纪-侏罗纪灭绝事件发生于盘古大陆分裂前，经历时间短于一万年，也造成三叠纪和侏罗纪恐龙的明显差异。在德国图宾根发现一个化石地点，可以观察到明显的三叠纪-侏罗纪界线[2]。统计显示，这个时期的物种多样性衰退，跟物种形成的减少较有关联，而非物种灭亡的增加[3]。

目前已有数个关于这次灭绝事件原因的理论：

在三叠纪晚期，曾发生缓慢的气候改变，或是海平面变动。但这无法解释海生生物的迅速灭亡。

撞击事件，但目前还没发现年代位于三叠纪／侏罗纪交界的陨石坑。年代最近的加拿大曼尼古根陨石坑，形成时间早了1200万年。位于法国的罗什舒阿尔陨石坑，地质年代大约是2亿100万年前（误差值200万年）[4]，但这个侵蚀过的陨石坑，直径约25公里，原始直径可能约50公里，以规模来说太小[5]。

大规模火山爆发，最有可能的是中大西洋岩浆省（Central Atlantic Magmatic Province 中大西洋大型火成岩区域）爆发形成的洪流玄武岩。火山爆发释放的气体，会造成全球暖化（二氧化碳）或气候寒冷（二氧化硫）。

早期理论认为，根据三叠纪晚期与侏罗纪早期的土壤、化石中的同位素，显示当时大气层中的二氧化碳没有明显变化。但近年有科学家提出新的证据，当时大气层中的二氧化碳曾有增加过。这可能因为火山爆发释放大量二氧化碳，以及天然气水合物的气化。天然气水合物的气化也被认为是地质年代中，规模最大的一次灭绝事件，二叠纪-三叠纪灭绝事件的主因之一。